Polskie podziemie zaczęło stawiać opór jeszcze w listopadzie 1942 r. Pierwsi do walki ruszyli akowcy oraz żołnierze Batalionów Chłopskich, czyli organizacji zbrojnej polskiego ruchu ludowego. Ci pierwsi zaatakowali wieś Udrycze, w której niemieccy koloniści zaczęli już gospodarzyć: „Wszystkim dobrze jest znany los tych Polaków, którzy zostali objęci wysiedleniem. Zapełniły się obozy karne w Zamościu i Zwierzyńcu tysiącami kobiet, dzieci i starców. [...] Co robić? Pytanie to było na ustach każdego Polaka. A działać należało natychmiast, gdyż wysiedlenia postępowały systematycznie z dnia na dzień nie mijając żadnej polskiej chaty. [...] A więc idziemy do wsi Udrycze, gdzie od kilku dni hulają osadnicy niemieccy, aby nie mając innego wyjścia po prostu podpalić wieś w kilku miejscach i tym sposobem wykurzyć stamtąd znienawidzonych wrogów, którym tak pachnie polska ziemia”.

W grudniu 1942 r. na Zamojszczynę przybył komendant Batalionów Chłopskich Franciszek Kamiński, który rozkazał swoim ludziom rozpocząć działania odwetowe. Miały one iść w trzech kierunkach. Po pierwsze zamierzano wesprzeć ludność w organizowaniu samoobrony. Po drugie próbowano zatrzymać wysiedleńcze ekspedycje, a po trzecie uderzono na wsie zajęte już przez kolonistów niemieckich.

Bardzo istotny był fakt, że do obrony ludności polskiej stanęły oddziały wspomnianych już Batalionów Chłopskich, Armii Krajowej, ale również komuniści walczący na przykład w szeregach Gwardii Ludowej. Wszystkie wyżej wymienione organizacje ruszyły niemal jednocześnie do akcji przeciw niemieckim okupantom.

Powyższe działania były zgodne z rozkazem Dowódcy AK gen. Stefana Roweckiego ps. „Grot”, który został opublikowany 8 grudnia 1942 r. W dokumencie tym Rowecki napisał: „Ludność ma stawić opór bierny i czynny. Palić zagrody, niszczyć dobytek opuszczany tak, żeby okupantowi zostały zgliszcza. Nie pozwolić na dzielenie rodzin, na bicie, gwałt i znęcanie się, odpowiadać siekierką, widłami i konnicą. Bronić życia i mienia pazurami do ostateczności... Akcję samoobrony ludności cywilnej wesprzeć działaniem dywersyjnych oddziałów bojowych, które z zewnątrz atakować będą policję i władze administracyjne przeprowadzające wysiedlenia. Przede wszystkim likwidować kierowników akcji wysiedlania. Zniszczyć zabudowania i dobytek w tych osiedlach, gdzie ludność sama nie mogła tego zrobić. Osiedlonym Niemcom nie dać żyć”.

Rozkaz powyższy zintensyfikował działania polskiej konspiracji. Jeszcze pod koniec grudnia Bataliony Chłopskie, wspierane o dziwo przez sowieckich partyzantów stoczyły bitwę pod Wojdą, w trakcie której zaatakowano niemiecki batalion do zadań specjalnych, eskortujący grupę około stu niemieckich kolonistów. Ponadto w styczniu roku następnego Armia Krajowa przeprowadziła akcję „Wieniec II”. Jej efektem było kilkadziesiąt uderzeń na różnego rodzaju niemieckie punkty komunikacyjne. Dodatkowo 1 lutego 1943 r. oddziały Armii Krajowej i Batalionów Chłopskich starły się z Niemcami w największej bitwie tamtego czasu na Zamojszczyźnie, czyli batalii pod Zaborecznem, która zakończyła się całkowitym zwycięstwem polskich partyzantów

Podobnych akcji, przeprowadzonych przez polskie podziemie było zdecydowanie więcej, przez co Niemcy ukuli termin „Powstanie Zamojskie” i przerwali działania przesiedleńcze. Spokój nie trwał jednak długo. Latem 1943 r. hitlerowcy rozpoczęli trzeci etap akcji przesiedleńczej, która otrzymała krypt. „Werwolf”. Był to najbardziej tragiczny okres całej „aktion Zamość”, bowiem Niemcy nauczeni doświadczeniem z poprzednich miesięcy zaangażowali do niej zdecydowanie większe siły wojskowe, które były bezwzględne wobec przesiedlanych Polaków.

W tamtym czasie, czyli od czerwca do sierpnia 1943 r. przesiedlono około sześćdziesiąt tysięcy osób. Niemniej tysiące ludzi zginęło w masowych egzekucjach, przeprowadzonych na przykład w tzw. Rotundzie Zamojskiej, czy też akcjach pacyfikacyjnych.

Ważnym faktem z okresu Powstania Zamojskiego była działalność żołnierza akowskiego wywiadu Dominika Szajnera ps. „Looping”, który zdobył mapę, na której Niemcy oznaczyli wsie, przeznaczone do przesiedleń. Mapa ta została wykradziona z urzędu wysiedleńczego, w którym to Szajner pracował. Został tam zatrudniony, gdyż zdobył niemieckie zaufanie. Przede wszystkim znał doskonale język niemiecki. Ponadto wystarał się o książeczkę wojskową ochotnika Wehrmachtu oraz dorobił klucze do urzędowych mebli, gdzie trzymane były różnego rodzaju dokumenty. Następnie, zostając po godzinach w urzędzie skrupulatnie je kopiował. Ponadto zdobył szereg informacji nt. kierunku wyjazdu niemieckich komisji wysiedleńczych oraz towarzyszącej jej żandarmerii. Wszystko to przekazywał swoim dowódcą, ci zaś starali się z tego zrobić jak największy użytek.